Все науки. №6, 2022. Международный научный журнал

Несколько ранее, ещё в 1930-е годы, результаты его опытов и наблюдений на водоёмах Зарафшанского оазиса и Ферганской долины были положены в основу разработки методов борьбы с малярией и акклиматизации гамбузии – рыбы, завезенной из южных штатов США. В 1942 году, на основе материала первых исследований комплекса ракообразных рисовых полей Ферганской долины он защищает кандидатскую диссертацию, и становится заведующим кафедрой зоологии и общей биологии Ферганского педагогического института, которой руководил более 40 лет.

В 1950-е годы, находясь в докторантуре ЗИН АН РФ, он продолжает расширенное исследование водоёмов Ферганской долины, тесно сотрудничает с коллегами из Института ботаники, Института зоологии Академии Наук Узбекистана, а также с учеными из ЗИН и других академических институтов. В 1958 году он успешно защищает в ЗИНе докторскую диссертацию, посвященную гидробиологии водоёмов Ферганской долины. Разработанная им типология рисовых полей стала основой развития рисоводства в странах Юго-Восточной Азии, где дополнительно к рису получают также товарную рыбу на основе разработанного им метода.

В 1960 году он получает ученое звание профессора и организует открытие аспирантуры по специальности «гидробиология» при кафедре зоологии и общей биологии Ферганского педагогического института. В период действия этой научной школы под его непосредственным руководством были защищены 26 кандидатских диссертаций по гидробиологии и ихтиологии водоёмов Узбекистана, Азербайджана, Казахстана, Киргизии, Таджикистана, Туркмении и Каракалпакии, а также 4 докторские диссертации, посвящённые фауне рыб.

В 1968 году А. Мухамедиев избирается академиком Академии Наук Республики. С этого момента он приступает к масштабной деятельности в рамках всего региона Казахстана и Центральноазиатских республик: его избирают председателем регионального отделения Ихтиологической Комиссии Министерства рыбного хозяйства России, председателем Узбекского отделения Гидробиологического общества, а также членом других научных подразделений всесоюзной Академии Наук; вместе с тем он являлся региональным координатором международной программы ЮНЕСКО «MaB» по странам Центральной Азии.